CEVA / S'INFORMER / SCIENCES & TECHNIQUES / Veille BRITTA VALORIAL - Fiches ALGUES / Algues-13-2011



Algues-13-2011

BASE DE DONNEES SUR LES METABOLITES NATURELS DES GRANDES ALGUES

Les grandes algues font l'objet de nombreuses études mettant en évidence leurs métabolites naturels. La plupart d'entre eux sont des molécules originales qui ne sont présentes que dans les algues. L'intégration de ces informations dans les screenings visant à identifier de nouvelles molécules actives est difficile sans regroupement des données. Les auteurs de cet article décrivent la mise en place d'une base de données publique sur les métabolites des grandes algues. Les informations clefs sont extraites des articles scientifiques pour être sauvegardées dans les champs structurés de la base.

 

Avis du CEVA : cet article présente la mise en place d'une base de données pour les métabolites secondaires observés dans les grandes algues marines. La richesse des études sur les algues et la structuration de l'information permettront d'accéder plus rapidement à ces connaissances. Que serait la génétique sans les bases de type GenBank ?

Source : DAVIS G. D. J., VASANTHI A. H. R. (2011). Seaweed metabolite database (SWMD) : A database of natural compounds from marine algae. Bioinformation, 5, (8), 361-364.

La R&D pharmacologique s'appuie de plus en plus sur la mise en oeuvre de screenings à grande échelle pour identifier les molécules potentiellement actives. Ces outils très infornatisés, compte tenu des volumes à traiter, sont efficaces en présence de données structurées, mais beaucoup moins face à des données sans structure figée comme les articles scientifiques. L'extraction des informations contenues dans ces articles et leur formatage dans une base de données structurée accélèrent notablement l'efficacité des recherches. Parmi les sources de molécules actives, le milieu marin est très représenté. Les grandes algues marines sont l'objet du plus grand nombre d'études avec plus de 3600 articles décrivant près de 3300 métabolites secondaires. Les auteurs de cet article ont mis au point une architecture de base de données (SWMD) pemettant de stocker toutes ces informations pour un accès public. Les clefs de recherche dans la base peuvent aussi bien être chimiques: numéro CAS, nom chimique, numéro InChi, ou biologique: nom d'espèce. D'autres bases sont interfacées par l'intermédiaire des identifiants de molécules: PubChemld, qui permet ainsi de continuer la recherche sur la molécule dans les nombreuses bases du NCBI. On peut ainsi trouver les références des articles sur les études ayant analysé cette molécule et dans certains cas identifier les séquences des gènes codant pour le composé.  Un lien similaire existe aussi avec le ChemSpiderId qui permet d'accéder aux recherches stlructurales sur la molécule et aux familles éventuelles de composés dans lesquelles cette molécule existerait en sous-structure.  Lorsqu'elles sont disponibles, les activités biologiques sont indiquées, comme la cytotoxicité. De même, le principe de la méthode d'extraction est indiquée. La base actuelle peut être consultée sur le site www.swmd.co.in. Elle contient 517 entrées pour des composés présents dans 37 espèces de Laurencia et diverses algues brunes et vertes dont la liste est donnée ci-dessous: Boergeseniella fruticulosa, Corallina granifera, Cutleria multifida, Cystoseira mediterranea, Dictyota dichotoma, Enteromorpha compressa, Galaxaura marginata, Gelidiun crinale, Halymenia floresii, Hypnea musciformis, Jania rubens, Padina pavonica, Phyllophora crispa, Polysiphonia morrowii, Sphaerococcus coronopifolius, Sporochnus pedunculatus, Taonia atomaria, Undaria pinnatifida. Pour chaque composé, les informations de structure sont présentées avec des modèles 3D qui peuvent être téléchargés dans différents formats. Les auteurs soulignent que 331 composés sur les 517 atteignent le critère de Lipinski qui détermine les molécules ayant le plus de probabilité d'avoir une activité pharmacologique. L'objectif de ces créateurs est de continuer à enrichir la base de donnés SWMD avec les apports volontaires d'autres chercheurs.
   

 

Initialement publié dans  la Veille Technologique Britta-Valorial : Algues/13-2011

Merci pour l'intérêt que vous portez à nos informations

Si vous souhaitez approfondir vos recherches, vous pouvez contacter

Nous vous souhaitons une bonne lecture du document disponible ci-dessous :

Algues-13-2011.pdf 172,48 kB